Kétszeresen Oscar-díjra jelölt amerikai színész. Egyike a legkiemelkedőbb amerikai színházi színészeknek, de Magyarországon
inkább a mozi világából ismerik. Pozitív és negatív karaktereket
egyaránt hitelesen alakít, amiket mindig aprólékosan dolgoz ki - bár
Malkovich úgy vallja, a filmezés csak a pénz miatt érdekes, mert igazi
otthonának a színházat tekinti.
Horvát, skót és német ősök leszármazottja, az illinoisi
Christopherben született 1953-ban, és a közeli Bentonban nőtt fel egy a
South Main Streeten található, nagy családi házban. Apja Daniel
Malkovich természetvédelmi szakember, anyja Joe Ann, két helyi újság
kiadója volt. Malkovich a Benton High School gimnáziumban töltött évei
alatt már játszott különböző darabokban. Az iskolában tagja volt egy
folk/rock triónak, egy 1972-es helyi nyári színházi projekt keretében
pedig az egyik főszereplője lett Jean-Claude Van Itallie Hurrá, Amerika
című darabjának. Egyetemi tanulmányait a Kelet-Illinoisi Egyetemen
kezdte, majd az Illinoisi Állami Egyetemen fejezte be, színház szakon,
bár diplomáját csak 2005-ben kapta kézhez - utolsó vizsgájáról ugyanis,
mivel a teremben „meleg volt és büdös”,[1] inkább kisétált. 1976-ban Gary Sinise, Glenne Headly és Joan Allen társaságában a chicagói Steppenwolf színházi társulat tagja lett. 1980-tól a Steppenwolf New York-i darabjaiban szerepel, Sam ShepardTrue West című darabjában nyújtott alakításáért elnyeri az Obie-díjat. 1984-ben Lanford WilsonBalm in Gilead című darabjában betöltött szerepéért újabb Obie-díjat, valamint Drama Desk-díjat kap. 1984-ben debütál a Broadwayn, Arthur MillerAz ügynök halála című drámájában Dustin Hoffman oldalán játssza Biffet; a darab televíziós változatában nyújtott teljesítményéért 1985-ben Emmy-díjat kap.
Először 1978-ban volt látható a nagyképernyőn, Robert AltmanEsküvő című vígjátékában, bár neve a stáblistán nem szerepelt. Első jelentősebb mozifilmszerepét a Broadwayn töltött évek során kapta, Sally Field vak segítőjét, Mr. Willt játszotta az 1984-es Hely a szívemben című filmben. Mr. Will ábrázolásáért Malkovichot Oscar-díjra jelölték. Ugyanebben az évben Al Rockoffot is eljátszotta A gyilkos mezőkben, alakításáért elismerő kritikákat kapott. Ezt követően olyan nagyszerű filmekben szerepelhetett, mint a Steven Spielberg rendezte A Nap birodalma (1987), vagy Tennessee WilliamsÜvegfigurák című novellájának filmes feldolgozása, amelyet Paul Newman rendezett. 1988-ban, a nagy sikerű Veszedelmes viszonyokkal vált igazi sztárrá - ebben a filmben a nőcsábász Sébastien de Valmont vikomtot alakította Glenn Close és Michelle Pfeiffer oldalán.
Malkovich A John Malkovich menet után F.W. Murnau rendezőt alakította A vámpír árnyéka (2000) című horrorban. E. Elias Mehrige filmje Murnau legendás 1922-es klasszikusának a Nosferatu elkészítésének folyamatát mutatja be. A filmben Malkovich remekelt, de alakítása mégis elmaradt Willem Dafoe játéka mellett, akit Oscar-díjra jelöltek. Szerepel A nyomorultakban (2000), majd Vin Diesellel áll szemben a Keménykötésűekben (2001). 2002-ben Matt Damon oldalán a A tehetséges Mr. Ripley folytatását A Ripley és a maffiózókat (2002) vállalta el, ezzel egy időben pedig Charles Talleyrandot alakította Gérard Depardieu mellett a a Napóleon című történelmi kalanddrámában. Fáradozásáért megkapta a harmadik Emmy-díj jelölését. Első rendezése a Táncos a házban című politikai dráma volt, a főszerepre Javier Bardemmet kérte fel. Játszott a Johnny Englishben (2003), majd még ebben az évben Stanley Kubrick csaló szerepében tűnt fel a Kubrick menetben. A Galaxis útikalauz stopposoknak (2005) című kasszasiker révén ismét sikerfilmben szerepelhetett, majd folytatta a gyatrább mozikat: Ízlésficam (2006), Klimt (2006), In Tranzit (2007) és Eragon (2005). 2008-ban ismét nagy mozikban szerepelhetett, a Coen-fivérek Égető bizonyítékában mint CIA-ügynök és az Elcserélt életekben mint Gustav Briegleb tiszteletes. Legújabb filmje a Transformers harmadik része, valamint készülőben lévő mozijai az As Linhas de Torres, melyben főszereplő a Warm Bodies című romantikus-horrorban is szerepet kapott.
Malkovich 1982-től 1988-ig élt házasságban Glenne Headlyvel, akivel 1988-ban azért váltak el, mert Malkovich a Veszedelmes viszonyok forgatásán viszonyba bonyolódott Michelle Pfeifferrel. Második feleségével, a rendezőasszisztens Nicoletta Peyrannel az Oltalmazó ég
című film forgatásán ismerkedett meg. 1989 óta élnek boldog
házasságban, két gyermekük, Amandine 1990-ben, Loewy pedig 1992-ben
született.
A mai napig rendszeresen feltűnik színházi szerepekben; tizenöt évig
élt családjával Dél-Franciaországban, ahol szintén színházi színészként
dolgozott, francia nyelven. Jelenleg a massachusettsi Cambridge-ben
lakik.
Politikai nézeteit tekintve Malkovcich konzervatív, azonban nem támogatja a halálbüntetést.